公积金贷款相比于商业银行贷款，其贷款利率相对较低。按照目前的规定，公积金贷款利率五年以下(含五年)，年利率为2.75%；五年以上，年利率为3.25%。
公积金贷款的期限比较长，最长可以达30年，每月还款压力小。而商业银行贷款对于二手房贷款有严格的限制，对于楼龄偏大的，只能贷款20年。
一般来说，商业银行贷款要求借款的年龄加上贷款年限必须小于65岁，而公积金贷款最长可达70周岁。
公积金贷款还款方式较为灵活，只要每月的还款额不低于“最低还款额”即可，可自由安排还款，超出“最低还款额”部分，视为提前还款金额。商业银行贷款，对于提前部分还款有严格的次数要求，比如建行房贷每年只能提前还款一次。而大部分住房公积金提前还贷没有次数限制，每次还款的金额是万元的整数倍即可。
住房公积账户余额不仅仅可用于申请贷款，还可将账户余额用于冲贷还款，可以选择将账户余额一次性冲贷，之后按照剩余的本金和还款期限重新计算还款计划，可以减少利息的支出并且降低月供额。也可选择按月冲贷，每月还款日时从公积金账户自动扣款。
买房首付款通常会让购房者倍感压力，能减少购房首付，将极大缓解购房者的资金压力。而公积金贷款首付比例最低可达20%，而商业银行贷款基本在30%左右，相比较而言，公积金贷款，可明显减少首付款压力。
按照规定，企业和个人所缴存的住房公积金不计入当期的工资、薪金收入，可免予征收个人所得税。缴存部分可作为个人收入所得税项目，可在税前进行抵扣。
公积金贷款还款满1年后，用户即可选择将公积金贷款一次性全部结清或者提前部分还款，提前还贷不收取违约金，而商业贷款则不同，提前还贷会收取一定比例费用。
职工有下列情形之一的，可以提取职工住房公积金账户内的存储余额：
(一)购买、建造、翻建、大修自住住房的;
(三)完全丧失劳动能力，并与单位终止劳动关系的;
(六)房租超出家庭工资收入的规定比例的。