一、补充公积金是指公司在为员工在缴足普通公积金后，额外再掏出一笔钱用于公积金，员工自己也要同比例缴存公积金，存入员工补充公积金账户，是公司员工的一项福利。
二、补充住房公积金是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有。
补充住房公积金属于非强制性缴纳的社会保障项目，企业根据自身的业绩和管理需要可以自主决定是否替员工缴纳补充住房公积金。补充住房公积金的月缴存额等于职工本人上一年度的月平均工资乘以职工、单位的补充住房公积金缴存比例补充住房公积金，住房公积金的缴存是强制性的，而补充住房公积金的缴存是自愿的。两者都属于长期住房的存储金，只不过补充公积金是住房公积金存缴基础上的一种补充，其存缴比较为单位与个人分别存缴比例不小于1%以及不大于9%。
1、强制性的区别：住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的;
2、缴纳范围的区别：补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工可以参加补充住房公积金;
3、缴纳比例的区别：住房公积金的缴存比例为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的限制，而补充住房公积金单位和个人的缴存比例，分别在不大于各9%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限限制。
第九条住房公积金管理委员会在住房公积金管理方面履行下列职责：
（一）依据有关法律、法规和政策，制定和调整住房公积金的具体管理措施，并监督实施；
（二）根据本条例第十八条的规定，拟订住房公积金的具体缴存比例；
（三）确定住房公积金的最高贷款额度；
（四）审批住房公积金归集、使用计划；
（五）审议住房公积金增值收益分配方案；
（六）审批住房公积金归集、使用计划执行情况的报告。